En el año 2000, Unicaja tomó una participación del 4% en el Banco de Andalucía, una entidad del grupo Banco Popular absorbida posteriormente por la casa matriz. Entonces el Andalucía era la marca regional más importante del Popular. En el año 2003, la caja de ahorros malagueña elevó su participación en el Banco de Andalucía al 5%. Tras la absorción de sus bancos regionales por el Popular, la participación de Unicaja en el grupo fue del 0,51%.

Unicaja está en proceso de absorción del Banco Ceiss, al que se traspasó el negocio financiero de la fusión entre Caja España y Caja Duero, impuesta por la Junta de Castilla y León, y que terminó nacionalizada.

Unicaja y el Banco Popular vuelven a encontrarse de manera indirecta al negociar Targobank, una entidad creada por el banco español junto al francés Crédit Mutuel a partir de la ficha del Banco Popular Hipotecario y de 125 oficinas aportadas por el grupo y que sobraban tras la integración de las filiales regionales, la adquisición de una veintena de sucursales del Banco Ceiss en Extremadura.

En realidad, el Banco Ceiss puso a la venta 35 oficinas, pero a los expertos del Popular y de Credit Mutuel solamente les ha convencido un paquete de 20 sucursales en Extremadura.

De culminarse la operación con Banco Ceiss, sería la primera adquisición de sucursales fuera del grupo Banco Popular que realiza Targobank.

Evo, interesado en la red de Galicia

La operación que todavía no ha salido es la venta de las sucursales de Banco Ceiss en Galicia, que interesaban sobre todo a Evo Banco, controlado por el fondo Apollo tras adquirirlo al nacionalizado NCG Banco (ahora Abanca, después de pasar a manos del Banco Etcheverría y fusionarse con esta entidad por impulso de su propietario, el venezolano Banesco), y que busca presencia en Galicia.