Iñaki Comas usa la epidemiología genómica para predecir la evolución del Covid-19

26/04/2020

Ana Hernando / Agencia Sinc. Doctor en Biología, colidera un proyecto de epidemiología genómica.

Iñaki Comas (Valencia, 1979) trabaja en el Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), donde colidera un nuevo proyecto de epidemiología genómica para predecir la evolución del SARS-CoV-2. El estudio comparará los genomas del coronavirus de pacientes infectados, a partir de datos microbiológicos de hospitales españoles.

El investigador Iñaki Comas en el laboratorio. / Mila Martínez (Fisabio).

La carrera de este doctor en Biología y experto en genómica estaba centrada hasta hace poco en el estudio de la transmisión de la tuberculosis y en los factores que influyen en los distintos grados de virulencia y el desarrollo de resistencias a antibióticos. El año pasado, él y otros científicos publicaron los resultados de un trabajo en PLOS Medicine que demostraba, entre otras cosas, que esta enfermedad también se puede contagiar en estado de latencia. Ahora colidera, junto con Fernando González Candelas, del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio-CSIC), un proyecto que utiliza herramientas de epidemiología genómica para predecir la evolución del nuevo coronavirus. La iniciativa cuenta también con el apoyo de la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica (FISABIO) de la Generalitat Valenciana.

El estudio comparará en una primera fase los genomas del coronavirus de 4.000 pacientes infectados a partir de datos de 40 hospitales españoles. En la siguiente etapa el objetivo es llegar al estudio de muestras de 20.000 pacientes.

 Ana Hernando: ¿Cuál es la finalidad del estudio?
Iñaki Comas: Lo que buscamos es entender el patrón de transmisión del virus. En una primera fase estudiaremos cómo llegó el virus a España y en qué momento se empezó a propagar localmente. Conforme incorporemos más muestras de momentos posteriores, podremos empezar a cuantificar el impacto de las medidas de confinamiento. Es importante recalcar la extraordinaria labor de las unidades de microbiología clínica de los hospitales de este país. Unidades desbordadas que se dedican al diagnóstico 24/7 y que, sin embargo, han encontrado tiempo para participar porque entienden la importancia del estudio.

 Ana Hernando: ¿Qué utilidad tendrá la información que se va a obtener?
I.C.: Aunque la tecnología de secuenciación genómica tiene potencial para darnos información casi en tiempo real, estamos todavía lejos de poder implementarla rutinariamente. Sin embargo, sí podemos extraer lecciones de cómo se ha propagado el coronavirus. Por ejemplo, combinando la información genómica del virus y datos epidemiológicos, podemos inferir en qué momento empezó a haber más transmisión local que importaciones de fuera del país. Esta es una información relevante para tomar decisiones sobre restricciones de movimiento. La idea es entender cómo se ha transmitido el virus y extraer lecciones para futuros rebrotes.

 Ana Hernando: ¿Qué nos desvelará este estudio de epidemiología genómica sobre el coronavirus?
I.C.: 
Globalmente ya estamos viendo dónde se inició. Sabíamos que era China, pero la secuencia genómica nos da una estimación de cuándo, en este caso, las últimas semanas de noviembre. A partir de ahí estamos viendo cómo se propaga por el mundo con patrones comunes. Uno de los retos más interesantes para nuestro proyecto es entender por qué el virus, a pesar de haber provocado brotes iniciales similares en diferentes comunidades autónomas, parece haber afectado más a unas zonas que a otras.

 Ana Hernando: Eso también se ha visto en Italia, por ejemplo.
I.C.: Sí, es algo que estamos viendo en muchos países, el caso más famoso en Italia es la comparación entre las altas tasas de Lombardía con las bajas tasas en Véneto. De ahí la importancia de que en nuestro estudio haya un muestreo nacional, y entender por qué la propagación del virus ha sido más limitada en unos sitios que en otros. No sabemos si es porque hubo múltiples introducciones en unas zonas o por la estructura poblacional subyacente que es diferente, por ejemplo, en edad y en factores de riesgo. Es importante saberlo para determinar la mejor manera de prevenir que el virus se propague más en futuros rebrotes.

 Ana Hernando: ¿Se van a estudiar también las peculiaridades y mutaciones en España?
I.C.: Sí, está contemplado entender ya no solo cómo se propaga, sino también las mutaciones que el virus va acumulando. Todos los organismos mutan y los virus más que ninguno. Esto no nos debe asustar, es un proceso natural y la gran mayoría de mutaciones no tienen un impacto en la virulencia o transmisibilidad del virus. Ahora mismo no tenemos evidencia de mutaciones que afecten a ninguno de estos factores. Además, la tasa de mutación de este virus no es especialmente alta para los virus de su clase. Sin embargo, no podemos descartar que pueda haber cambios relevantes y es importante seguirlos.

 Ana Hernando: Estos cambios en el virus son relevantes a la hora de desarrollar tratamientos y vacunas, ¿no?
I.C.: Además, aunque muchas mutaciones no tengan un efecto sobre la biología del virus, sí es importante para la efectividad de los diagnósticos que se basan en identificar regiones muy conservadas. Si alguna de estas mutaciones apareciera en las dianas, podría bajar la sensibilidad y la especificidad de esos diagnósticos.

 Ana Hernando:  El proyecto contempla que todos los datos sean depositados en repositorios públicos y una plataforma. ¿Quién tendrá acceso la información que se vuelque en ella?
I.C.: Será de acceso abierto. Vamos a volcar en la plataforma NextStrain el total de la información genómica del proyecto, como hacen centros de todo el mundo. Eso incluye secuencias españolas generadas por nosotros, pero también las de otros centros con capacidad en España, que, a su vez, tendrán acceso a nuestros datos. Hay además un nodo español llamado NextSpain, que incluye los datos de secuencias españolas al que también se puede acceder desde la web del proyecto que acabamos de crear. La disponibilidad abierta de datos, y se ha demostrado en esta pandemia más que en ninguna, es clave para acelerar el progreso cientíco, que es lo que necesitamos ahora.

 Ana Hernando: Contáis con un adelanto de 740.000 euros de la plataforma Salud Global del CSIC para arrancar el proyecto.
I.C.: 
Sí, con este adelanto podremos secuenciar las muestras de 4.000 pacientes infectados. El objetivo en una segunda etapa será aumentar esta cifra hasta los 20.000 pacientes. Para esa fase aún no contamos con fondos aprobados y seguimos a la espera de noticias del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII). Es una situación compleja y sobre este centro recae una gran responsabilidad, pues debe administrar sabiamente la financiación. De momento, parece que se está centrando en acelerar diagnósticos y desarrollo de antivirales prometedores. Es normal, dada la situación de emergencia sanitaria. Gracias al CSIC nos hemos podido poner en marcha, y eso hará que si llega la financiación del ISCIII estemos a punto para escalar el proyecto en poco tiempo.

 Ana Hernando: ¿Qué estás aprovechando de tu investigación previa en el campo de la tuberculosis para el estudio de epidemiología genómica del coronavirus?
I.C.: Sobre todo, la metodología. Podemos aplicar herramientas parecidas que nos permiten estimar, por ejemplo, la importancia de esa transmisión asintomática. Hay retos, claro, el tamaño del genoma del virus es mucho más pequeño que el de la bacteria de la tuberculosis y puede que no encontremos suficiente variación genética para aplicar nuestra aproximación. Pero creo que, en un porcentaje de casos representativo, sí podremos hacerlo. Por otra parte, muchas de las medidas de control propuestas para salir del confinamiento son parecidas a las que ya se usan en tuberculosis en nuestro país: diagnosticar, aislar e idenfiticar contactos. Muchas lecciones aprendidas en la Covid-19 podrán ser aplicadas a la tuberculosis y viceversa. Sin embargo, ahora me preocupa más el impacto que ese coronavirus tenga en las frágiles estructuras sanitarias de países en desarrollo. Ya tenían problemas para diagnosticar y tratar casos de tuberculosis o de VIH y ahora se van a ver impactadas por el coronavirus.

 Ana Hernando: ¿Cuál es tu valoración como cientíco de esta pandemia? I.C.: Primero, mi valoración es sesgada en el sentido de que no conozco todas las variables. Además, mi trabajo se centra más en enfermedades de salud global que llevan mucho tiempo entre nosotros, que en pandemias emergentes. Creo que había equipos y trabajo hecho en preparación para lidiar con virus muy virulentos pero con brotes de transmisión limitada, como el primer SARS, o muy transmisibles pero con impacto clínico limitado, como otros coronavirus. No esperábamos un virus que se transmite muy bien y que desborda nuestras camas de la UCI. No es tan fácil predecir y por eso nos ha costado reaccionar a todos.

♦ Ana Hernando: ¿Qué deberíamos hacer para estar más preparados?
I.C.: Creo que se debe reivindicar a escala nacional la creación de estructuras y plataformas estables en respuesta a esta y otras emergencias. El ISCIII hace un gran trabajo, pero si no ha habido una financiación adecuada durante años, se encontrará desbordado. Lo mismo para nuestro sistema sanitario. A nivel científico, no puede ser que se nos pidan ahora respuestas rápidas cuando tenemos un sistema con una gran precariedad. En mi grupo de investigación de doce personas solo yo tengo contrato indefinido. Lo mismo en el de Fernando González Candelas o en el centro de secuenciación de referencia FISABIO. La situación se extiende a toda la comunidad cientíca. Y así es difícil responder a pandemias o a cualquier otra emergencia.

Se necesita una financiación sostenida que mantenga una buena base sobre la que cimentar ciencia, no ya de excelencia, sino de buena calidad. Esto se está consiguiendo pero a costa de exprimir a los científicos, quienes compensamos con tiempo personal las deficiencias de financiación estructural. Esta epidemia no debe hacernos cambiar el foco, financiar ciencia básica es tan importante como financiar investigación clínica. Los grandes avances biomédicos han bebido históricamente de los avances en la ciencia básica, no lo olvidemos.

 

Ana Hernando (en Twitter, @AnaHernandoDyOes la autora de esta entrevista, publicado en la web del Servicio de Información y Noticias Científicas (@agencia_sinc), primera agencia pública de ámbito estatal especializada en información sobre ciencia, tecnología e innovación en español. Fue puesta en marcha por la Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología en el año 2008.

Más información
⇒ Seguir en Twitter a Iñaki Comas (@icoes) a Fernando González Candelas (@fgonzalef) y a @ngs_fisabio

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